公元2029年，世界已经进入高科技与信息化的时代。人类生活水平提高的同时，犯罪活动也越来越依赖高科技手段。因此，专门打击高科技犯罪的特别警察部队——公安9课应运而生。草薙素子作为队长，她本身也已经是全身义体化的女警，带领着公安9课不断展开各项高风险行动。 在一次行动中，公安9课协助公安6课秘密处理了一名程序员外逃至他国的事件，但很快，事件发展到了与传说中的黑客“傀儡师”有关的犯罪案件。就在调查陷入僵局时，傀儡师竟然主动现身，并来到公安9课的面前。素子和她的队员们此时才发现，他们已经不知不觉地卷入了一场政府阴谋的漩涡之中。 本作是根据1995年上映的动画电影《GHOST IN THE SHELL》改编的作品，剧情保持不变，画面则进行了全面重制。