2029年3月的某天，某国的大使馆遭遇一群经过大规模义体改造的武装分子的突袭，众多外国使节及其家属被挟持为人质，局势十分危急。草薙素子（坂本真绫 配音）紧急召集巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等精锐队员，并制定了周密的营救计划。然而，就在一切按部就班地进行时，突如其来的意外打乱了局势。与此同时，距离大使馆不远的摩天大楼内，日本首相遭到暗杀，爆炸事件导致素子昔日的上司、陆军501机关的机关长库露兹（浅野麻由美 配音）也在爆炸中丧命。经过深入调查，素子和队员们发现，一种能够篡改记忆的病毒正在网络中蔓延，而她的身世竟与这一系列事件有着千丝万缕的联系。危机四伏，隐藏的阴谋正在悄然浮出水面……