在西亚古共和国解体之际，独裁者卡路玛将军为避政治追杀逃往日本，并在此期间公开发表了威胁制造恐怖活动的声明。几年后，卡路玛麾下的特工团队——身上标有“梵”字的成员接连自杀，而卡路玛本人也意外死亡。在这一系列事件发生过程中，神秘的“傀儡师”黑客通过讯息不断预示着灾难的到来。公安九课接到命令调查这一系列事件，经过户草和巴特的多次调查，逐渐发现草薙素子也与此事有所关联。随着调查的不断深入，一些近年来愈加严重的诱拐案件，以及逐步浮出水面的贵腐老人现象，都与“傀儡师”案件有着千丝万缕的联系。谜团一层层揭开，令人震惊的真相渐渐浮现……