在1999年，一艘外星宇宙战舰坠落地球，经过十年的修复后，取名为"MACROSS"。到了2009年，MACROSS要塞正在举办偶像歌手林明美（由饭岛真理配音）的演唱会，然而，空袭警报骤然响起，整个要塞开始进行战斗模式的变形。战斗中，飞行员一条辉（由长谷有洋配音）驾驶变形战斗机救出了一名少女，但因速度过快，他的战机撞入了外层舱室。在稍作安定后，辉发现自己救的正是林明美。 两人相识后，为了让明美开心，辉偷开教练机带她去兜风，然而敌人趁机出现。在混乱中，朋友们前来支援，经过一场激烈的战斗后，辉与早濑未沙（由土井美加配音）醒来，发现自己身处在一个荒芜的星球上。 他们了解到，五十万年前，名为"普罗多"的古代文明已经发展到巅峰，能够通过遗传密码进行无性繁殖，然而这种文明的分裂导致了长达数万年的战争。由男性组成的"杰特拉帝"与由女性组成的"赫而特兰帝"展开了激烈的争斗。随着文明的衰退，这些曾经辉煌的文化被遗弃，剩下的只是战斗为生的种族。为了维护和平，他们的未来会如何抉择？ 《超时空要塞》是一部1982至1983年间播出的经典电视动画，本片是对其基础上进行精简改编后的剧场版。