公元2029年，世界进入了高科技与信息化的新时代。随着科技的飞速发展，人类的生活水平得到了显著提高，但随之而来的，却是犯罪活动的高科技化。为了应对这一挑战，专门打击高科技犯罪的特种部队——公安9课应运而生。队长草薙素子，一位全身“义体化”的女警，带领着这个特殊小队，积极参与解决各种复杂案件。 这次，公安9课协助公安6课解决了一名程序员外逃到国外的棘手问题，然而在行动过程中，他们不幸卷入了传闻中的黑客“傀儡师”的犯罪事件。随着案件的推进，行动逐渐陷入僵局，令他们感到束手无策。就在此时，傀儡师竟然主动现身，来到了公安9课。素子和她的同僚们这才意识到，他们已经无意中卷入了一场波及政府的巨大阴谋。