“闇之书事件”（参照魔法少女奈叶A's）发生后的10年，19岁的高町奈叶、菲特·T·哈洛温和八神疾风三人，怀抱着深厚的友情与各自的理想，加入了时空管理局，并以一流魔导师的身份活跃在各自的岗位上。 在这一过程中，他们发现了名为“圣遗晶石”的太古遗产，并发现了以此为目标的神秘机械兵器——“共鸣拓发者”。为了应对未来可能引发的“圣遗晶石事件”，八神疾风意识到有必要组建一支能够迅速反应的独立部队，于是成立了专责处理与太古遗产相关任务的特殊部队——“机动六课”。 与此同时，故事回溯至四年前。昴·中岛在机场火灾中几乎丧命，幸得奈叶的救援。因深受奈叶的勇气与形象所激励，昴决定在那晚的星空下，成为时空管理局的一名魔导师。 四年后，昴成功成为管理局的新进魔导师，并与训练时的伙伴蒂雅娜·兰斯特共同挑战魔导师升格试验。此时，疾风、菲特和奈叶注视着这对搭档，认定他们将是“机动六课”的未来之星。随着ReinForce II（统御之力zwei）宣布试验开始，故事的帷幕正式拉开，迎来了“StrikerS”的篇章。