《浪客剑心：京都大火篇》讲述了为了救神谷薰（武井咲 饰），绯村剑心（佐藤健 饰）跳入大海，昏迷中漂至一座小岛，最终被传授飞天御剑流的师父比古清十郎（福山雅治 饰）所救。深知自己与志志雄真实（藤原龙也 饰）之间的巨大差距，剑心恳求师父传授飞天御剑流的最高奥义，以便拯救全日本。与此同时，志志雄已开始实施武力夺国的计划，强迫伊藤博文（小泽征悦 饰）发布全国通缉令，剑心的名号再次成为东京的焦点。得知消息的薰和左之助（青木崇高 饰）急忙赶往东京，而剑心也再次踏上旅程，却遭遇了御庭番众首领四乃森苍紫（伊势谷友介 饰）的阻击。剑心披荆斩棘，最终将与宿命中的对手——志志雄展开决战……