讲述了一个发生在二十一世纪末的未来世界。在这个世界里，魔法已经不再是传说或神话的产物，而是与科学和超能力结合，成为了人们日常生活的一部分。为了培养能在魔法领域服务于国家的人才，许多国家成立了魔法大学附属的高校，而故事的主舞台——魔法科高校，便是这样一所专门培养魔法人才的学校。 故事的主角是司波达也（中村悠一 配音）和他的妹妹司波深雪（早见沙织 配音）。司波深雪是学院中公认的天才学生，拥有强大的魔法能力，她被誉为“花冠”。而与她形成鲜明对比的是哥哥司波达也，他由于一些特殊原因被评为二科生，成为了“杂草”。在魔法科高校中，学生们根据能力被划分为一科（优等生）和二科（劣等生）。虽然达也在能力上远不如深雪，但他却拥有某种不同寻常的能力，能够在各种困境中展示出不同寻常的实力。 在学校生活中，司波兄妹结识了许多有趣的同学和朋友，他们个性各异，特点鲜明。千叶艾丽卡（内山夕实 配音）是个性直率、活泼不拘小节的女孩；柴田美月（佐藤聪美 配音）则是一个胆小且文静的女孩；西城雷欧哈鲁特（寺岛拓笃 配音）正直勇敢，富有正义感；吉田干比古（田丸笃志 配音）是一个努力刻苦的学生。通过他们之间的互动，学校生活变得充满了色彩与挑战。 然而，魔法科高校看似普通的校园生活背后，隐藏着许多秘密。随着时间的推移，达也和深雪逐渐揭开了隐藏在学园中的阴谋和复杂的势力角逐。达也不仅要面对来自学园内部的竞争，还要应对外部世界对于魔法力量的争夺和各种复杂局势。在这一过程中，司波兄妹将会逐渐展现出自己与众不同的能力，并为自己和身边的人创造一个充满希望与改变的未来。 这是一部将魔法、超能力、青春成长和学园生活相结合的作品，带有浓厚的科幻和冒险色彩，同时也充满了对人物成长、家庭关系以及友情的深刻刻画。