《机巧魔神》讲述了男主角夏目智春在三年前的空难中意外幸存后，所经历的一系列奇异事件。他的生活发生了翻天覆地的变化，在青梅竹马水无神操绪的指引下，他搬进了其兄长夏目直贵曾住过的神秘宅邸——鸣樱邸。正当他试图适应新生活时，穿着黑色服装的美女黑崎朱里出现在他的面前，受其兄长的托付，将一只神秘的银色手提箱交给了智春，并意外唤醒了其中隐藏的“机巧魔神”——一件具有巨大力量的谜之兵器。 从此，智春的平凡高中生活彻底被打破，他逐渐揭开了世界背后隐藏的秘密。原来，这个世界并非如人类所知的那样简单，神早已抛弃了人类，曾经经历过一次毁灭性灾难，并通过“恶魔”之力重建成如今的“第二度世界”。智春发现自己被赋予了拯救世界的责任，而他的身边也开始围绕着各种各样的神秘人物与美丽少女，包括自称恶魔的巫女、被幽灵缠绕的学生会长等人。每一个人都有着各自的故事与秘密，而智春也逐渐发现自己与这些人物之间的联系远比他想象的更加复杂。 在面对这些未知的敌人、谜团和责任时，智春必须发挥机巧魔神的力量，保护自己与身边的人，同时揭开隐藏在世界背后的真相。每一个选择都可能影响他与这些美少女们的命运，而这个动荡的故事，也将在智春和他的伙伴们的奋斗中展开。 这是一部充满魔幻、悬疑与青春成长元素的作品，结合了神秘的兵器、强大的力量与错综复杂的人物关系，带给观众一场扣人心弦的冒险旅程。